La fisioterapia es una ciencia de la salud dedicada a la rehabilitación del movimiento corporal humano, el trabajo que se realiza en CEPA en esta área está encaminado al desarrollo de habilidades motoras gruesas. Mediante la selección de métodos y técnicas didácticas, se favorece el proceso de enseñanza y aprendizaje en el movimiento corporal.
No solo se trabajan actividades dentro de la institución para el mantenimiento de posturas, equilibrio y estado físico, sino que también se fomenta la actividad física con convenios interinstitucionales para la práctica de la equinoterapia, gimnasio, bolos y natación.