La Fonoaudiología y la Educación Especial se complementan dentro de la institución, para detectar la existencia de desórdenes y deficiencias comunicativas en los estudiantes especiales, que afectan la calidad de su comprensión y expresión lingüística, como son las alteraciones para entender conceptos, seguir instrucciones, dificultades para articular y expresar una idea, pronunciar palabras, y hablar de forma fluida.
Es así como el programa de Fonoaudiología en La Fundación Amigos Cepa, permite a los estudiantes a través de sesiones individuales, el desarrollo de habilidades para pronunciar con mayor facilidad los sonidos y palabras del lenguaje. Este proceso se realiza a partir de la retroalimentación auditiva, ejercicios motores con los órganos de la articulación, y terapias aumentativas y alternativas de comunicación.
Adicional, el programa de Fonoaudiología fomenta en los estudiantes, de acuerdo a sus potenciales, la capacidad para desarrollar habilidades a través de la expresión corporal y verbal, con proyectos como, los centros literarios, el magazín y el noticiero CEPAMOS. A través de dichos proyectos, los jóvenes especiales, logran destrezas para hablar en público, realizar juegos de roles, ser ingeniosos, aprender y emplear nuevo vocabulario y lograr mayor fluidez en el momento de hablar.